Das Naturschutzzentrum ist Kooperationspartner des Erzgebirgskreises und der Sächsischen Landesstiftung Natur und Umwelt. Langjährige und enge Zusammenarbeit gibt es im Rahmen der Natura 2000-Schutzgebietsbetreuung, dem Netzwerk Umweltbildung Sachsen und seit 2017 auch im Netzwerk der sächsischen Naturschutzstationen.
Das Naturschutzzentrum ist als "Sächsische Naturschutzstation" anerkannt und ist damit wesentlicher Träger der Naturschutzarbeit und Umweltbildung in der Region. Das Netzwerk der Naturschutzstationen trägt mit einer Vielzahl von Maßnahmen zum Erhalt der Artenvielfalt bei. Es werden zahlreiche praktische Naturschutzmaßnahmen umgesetzt, Schutzgebiete betreut, Forschungsaufgaben unterstützt, Stellungnahmen erarbeitet , der ehrenamtliche Naturschutzdienst unterstützt und alle Einrichtungen engagieren sich mit Bildungsangeboten für eine nachhaltige Entwicklung im Freistaat Sachsen.